Órgano de Gobierno
Asamblea general. Es el órgano supremo de gobierno del Consorcio y está constituida por la Presidencia, La Vicepresidencia y los vocales que pertenecen a las administraciones publicas consorciadas.
Presidencia, ejercida por la Consejería de la Junta de Extremadura con competencias en energía.
Vicepresidencia, ejercida por las Diputaciones de Cáceres y de Badajoz, en turno rotatorio.
Órgano de administración y dirección
Dirección, que tiene como función ejecutar los acuerdos y tareas que le hayan sido confiados para su ejecución por los Órganos de Gobierno. Para ello, cuenta con el personal técnico y administrativo de las delegaciones de Cáceres y Badajoz. Internamente, la Agencia Extremeña de la Energía se encuentra dividida en dos áreas, el Área Técnica y de Proyectos Europeos y el Área Económica.
Órganos consultivos
Su función es el asesoramiento de la Asamblea General y la organización de las actividades. Proporcionan apoyo técnico y científico a la Agencia Extremeña de la Energía.
Secretaría
Además de los órganos anteriormente citados, el Consorcio cuenta con una Secretaría.